De naam “Groene Kerk” ontleent de kerk aan de groene klimop die van de 19° eeuw tot 1954 alle gevels van het gebouw bedekte. De herinnering aan die ‘groene’ periode is in de officiële benaming vastgelegd, samen met de naam van de stichter, de Engelse monnik en missionaris Willibrord, wiens beeltenis op het pilaar bij de witte poort bij de kosterswoning staat.
In 690 reisde Willibrord naar het Europese vasteland om hier het evangelie te verkondigen. In onze omgeving werkte hij vooral rond 725, en het zou op zijn aanwijzing zijn geweest, dat hier in 739 het eerste kerkje werd gebouwd. Na verschillende her- en verbouwingen stond er tenslotte in de 15e eeuw een kruisvormige, gotische kerk met een nog gedeeltelijke Romaanse, tufstenen toren. De toren was zo bouwvallig dat deze rond 1825 gesloopt moest worden. De kerk zelf werd al rond het beleg van Leiden verwoest (1573/74). De (inmiddels Hervormde) gemeente bouwde een nieuw kerkgebouw op de resten van de oude muren. In 1600 kwam het schip gereed en in 1662 het dwarsschip en het koor. Wie buiten om de kerk heen loopt, kan in de stenen de sporen van deze geschiedenis nog terugvinden.
Bij een grote restauratie in 1954-’55 veranderde het interieur sterk van aanzien. Het houten koorhek verdween naar Scheveningen en de preekstoel, die bij de Hervorming een centrale plaats midden voor het koorhek had gekregen, werd naar de hoek van dwarsschip en koor verplaatst. De avondmaalstafel (voordien alleen bij de viering van het Avondmaal aanwezig) kwam in het midden te staan. En het koperen doopbekken dat in geval van een doopbediening aan de kansel werd bevestigd, werd vervangen door een hardstenen doopvont. De notabelenbank verdween, maar de regeringsbank, als historisch waardevol element, bleef behouden. Hier mochten in oude tijden de burgemeesters van Leiden plaatsnemen wanneer zij als ‘Heren van Oegstgeest’ een dienst in de Groene Kerk wilden bijwonen. Ook hun familiewapens in het grote zuidvenster herinneren aan die tijd.
Het eerste orgel stamt uit 1857, met dank aan de familie Gevers van Endegeest. Voordien gaf een voorzanger de toon aan. Een goede eeuw later was dit instrument aan vervanging toe. Via giften aan het Orgelfonds en subsidie van de gemeente Oegstgeest kon in 1977 een nieuw en vergroot orgel in gebruik worden genomen, waarin kostbaar pijpwerk uit de 17e eeuw.
In de Groene Kerk bevinden zich nu twee orgels. Het hoofdorgel kwam in 1977 gereed en is gebouwd door de firma Metzler te Dietekon (Zwitserland), als een vrije reconstructie van het voormalige Schonat-koororgel in de Oude Kerk te Amsterdam. Het 17e-eeuwse pijpwerk is in 1823 geplaatst in een orgel in de Zuiderkerk in Amsterdam, en in 1940 doorverkocht aan de Gereformeerde Oosterkerk in Aalten. In de zeventiger jaren kwam het uiteindelijk ter beschikking aan de Groene Kerk. Doordat Schonat zelf ook weer ouder pijpwerk hergebruikte, beschikken wij thans in de Holpijp van het hoofdwerk over 16e-eeuws pijpwerk van Hendrik Niehoff, waar Jan Pieterszoon Sweelinck nog op gespeeld moet hebben.
Andere aanwinsten die in de loop der jaren het interieur hebben verrijkt zijn de paaskaars, een icoon, door een gemeentelid aan de gemeente geschonken, en als afscheidsgeschenk aan en van ds. Kooman in het koor twee kleurige panelen, een aan de zuidwand waarop de namen van de dopelingen worden bijgeschreven en een aan de noordwand met de namen van de overledenen.